私のiPod touchだけなのかもしれませんが、同期作業が進行中にキャンセルすると、時々ビデオやミュージックのアルバムジャケットが違うものに置き換わってしまうことがあります。
たとえばビデオのサムネイル。正常に転送が完了していたものでも、新たにビデオを転送中にキャンセルすると、ジャケット画像が別のものになってしまいます。中身はきちんと再生されるので、おそらく画像を管理するデータベースとの連携がうまくいっていないように思います。
こうなってしまうと、サムネイルがおかしいビデオだけを削除→再転送しても直りません。直す方法は「ビデオを全て同期し直す」必要があります。音楽の場合も同様に全てのミュージックを削除した後、再転送する必要があります。
急用でどうしても同期を中止しなければいけない場合を除き、むやみにキャンセルしない方が良さそうです。